A primeira forma é a correta. Não há crase nessa locução porque granel é um substantivo masculino. A locução “a granel” significa “sem qualquer embalagem ou acondicionamento”. Diz-se também de mercadoria vendida sem embalagem, em quantidades fracionárias. No sentido figurado, refere-se a algo em grande quantidade, a rodo.
Respostas para as dúvidas mais cotidianas.